Authors: Dauben CM, Pröll-Cornelissen MJ, Heuß EM, Appel AK, Henne H, Roth K, Schellander K, Tholen E, Große-Brinkhaus C
(Contact: cgro@itw.uni-bonn.de ) Affiliation: Institute of Animal Sciences, University of Bonn, Endenicher Allee 15, Bonn, 53115, Germany Title: Genome-wide associations for immune traits in two maternal pig lines Journal: BMC Genomics, 22(1):717 (2021)
DOI :
10.1186/s12864-021-07997-1 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Interleukin-8 level
Chr.15 : Asso:237648 , Asso:237649 , Asso:237650 , Asso:237651 , Asso:237652 , Asso:237653 , Asso:237654 , Asso:237655 , Asso:237656 , Asso:237657 , Asso:237658 , Asso:237659 , Asso:237660 , Asso:237661 , Asso:237662 , Asso:237663 , Asso:237664 , Asso:237665 , Asso:237666 , Asso:237667 , Asso:237668 , Asso:237669 , Asso:237670 , Asso:237671 , Asso:237672 , Asso:237673 , Asso:237674 , Asso:237675 , Asso:237676 , Asso:237677 , Asso:237678 , Asso:237688 , Asso:237689 , Asso:237690 , Asso:237691 , Asso:237696 , Asso:237697 , Asso:237698 , Asso:237699 , Asso:237700 , Asso:237701 , Asso:237702 , Asso:237703 , Asso:237704 , Asso:237705 , Asso:237706 , Asso:237707 , Asso:237708 , Asso:237709 , Asso:237710 , Asso:237711 , Asso:237712 , Asso:237714 , Asso:237715 , Asso:237716 , Asso:237718 , Asso:237719 , Asso:237720 , Asso:237721 , Asso:237722 , Asso:237723 , Asso:237724 , Asso:237725 , Asso:237726 , Asso:237727 , Asso:237728 , Asso:237729 , Asso:237730 , Asso:237731 , Asso:237733 , Asso:237734 , Asso:237739 , Asso:237740 , Asso:237741 , Asso:237799 , Asso:237800 , Asso:237801 , Asso:237805 , Asso:237806 , Asso:237807 , Asso:237827 , Asso:237828 , Asso:237862 , Asso:237863 , Asso:237864 , Asso:237865 , Asso:237866 , Asso:237867 , Asso:237868 , Asso:237869 , Asso:237870 , Asso:237871 , Asso:237872 , Asso:237898 , Asso:237899 , Asso:237900 , Asso:237901 , Asso:237902 , Asso:237903 , Asso:237904 , Asso:237908 , Asso:237922 , Asso:237923 , Asso:237937 , Asso:237938 , Asso:237939 , Asso:237940 .
QTL for Interleukin-10 level
Chr.13 : Asso:237964 . Chr.17 : Asso:237679 , Asso:237680 , Asso:237681 , Asso:237682 , Asso:237683 , Asso:237684 , Asso:237685 , Asso:237686 , Asso:237687 , Asso:237849 , Asso:237873 .
QTL for Haptoglobin concentration
Chr.2 : Asso:237692 , Asso:237693 , Asso:237694 , Asso:237695 , Asso:237829 . Chr.4 : Asso:238003 . Chr.9 : Asso:237713 , Asso:237717 . Chr.17 : Asso:238111 .
QTL for Interleukin-4 level
Chr.7 : Asso:237732 . Chr.17 : Asso:237815 , Asso:237816 , Asso:237817 , Asso:237818 , Asso:237819 , Asso:237820 , Asso:237821 , Asso:237941 , Asso:237942 .
QTL for Monocyte number
Chr.12 : Asso:237735 , Asso:237736 , Asso:237737 , Asso:237738 . Chr.18 : Asso:238085 , Asso:238086 , Asso:238087 , Asso:238088 , Asso:238089 , Asso:238090 .
QTL for White blood cell number
Chr.4 : Asso:237913 , Asso:237914 , Asso:237919 , Asso:237920 , Asso:237921 , Asso:237932 , Asso:237933 , Asso:237934 . Chr.12 : Asso:237848 . Chr.14 : Asso:237742 , Asso:237743 , Asso:237744 , Asso:237745 , Asso:237746 , Asso:237747 , Asso:237748 , Asso:237749 , Asso:237750 , Asso:237751 , Asso:237752 , Asso:237753 , Asso:237754 , Asso:237755 , Asso:237756 , Asso:237757 , Asso:237758 , Asso:237759 , Asso:237760 , Asso:237761 , Asso:237762 , Asso:237763 , Asso:237764 , Asso:237765 , Asso:237766 , Asso:237767 , Asso:237768 , Asso:237769 , Asso:237770 , Asso:237771 , Asso:237772 , Asso:237773 , Asso:237774 , Asso:237775 , Asso:237776 , Asso:237777 , Asso:237778 , Asso:237779 , Asso:237780 , Asso:237781 , Asso:237782 , Asso:237783 , Asso:237784 , Asso:237785 , Asso:237786 , Asso:237787 , Asso:237788 , Asso:237789 , Asso:237790 , Asso:237791 , Asso:237792 , Asso:237793 , Asso:237794 , Asso:237795 , Asso:237796 , Asso:237797 , Asso:237798 , Asso:237802 , Asso:237803 , Asso:237804 , Asso:237808 , Asso:237809 , Asso:237810 , Asso:237811 , Asso:237812 , Asso:237813 , Asso:237814 , Asso:237874 , Asso:237875 , Asso:237935 , Asso:237936 .
QTL for Mean corpuscular hemoglobin concentration
Chr.1 : Asso:238095 , Asso:238096 , Asso:238097 , Asso:238098 , Asso:238099 , Asso:238100 , Asso:238101 , Asso:238102 , Asso:238103 , Asso:238104 , Asso:238105 , Asso:238106 , Asso:238107 , Asso:238108 . Chr.5 : Asso:237822 , Asso:237823 , Asso:237824 , Asso:237825 , Asso:237826 , Asso:237876 , Asso:237877 , Asso:237878 , Asso:237879 , Asso:237880 , Asso:237881 , Asso:237882 , Asso:237883 , Asso:237884 , Asso:237885 , Asso:237886 , Asso:237887 , Asso:237888 , Asso:237889 , Asso:237890 , Asso:237891 , Asso:237892 , Asso:237893 , Asso:237894 , Asso:237895 , Asso:237896 , Asso:237897 , Asso:237907 .
QTL for Neutrophil count
Chr.12 : Asso:237830 , Asso:237831 , Asso:237832 , Asso:237833 , Asso:237834 , Asso:237835 , Asso:237836 , Asso:237837 , Asso:237838 , Asso:237839 , Asso:237840 , Asso:237841 , Asso:237842 , Asso:237843 , Asso:237844 , Asso:237845 , Asso:237846 , Asso:237847 , Asso:237860 , Asso:237861 , Asso:237905 , Asso:237906 , Asso:237909 , Asso:237910 , Asso:237911 , Asso:237912 , Asso:237924 , Asso:237925 , Asso:237926 , Asso:237927 , Asso:237928 , Asso:237929 , Asso:237930 , Asso:237931 , Asso:237943 .
QTL for Interleukin-1 beta level
Chr.17 : Asso:237850 , Asso:237851 , Asso:237852 , Asso:237853 , Asso:237854 , Asso:237855 , Asso:237856 .
QTL for Hematocrit
Chr.1 : Asso:237857 , Asso:237858 , Asso:237859 , Asso:237915 , Asso:237916 , Asso:237917 , Asso:237918 . Chr.15 : Asso:237949 . Chr.16 : Asso:237947 .
QTL for Hemoglobin
Chr.5 : Asso:237944 , Asso:237945 . Chr.15 : Asso:237960 . Chr.16 : Asso:238091 .
QTL for Tumor necrosis factor alpha level
Chr.1 : Asso:237962 , Asso:237963 , Asso:238092 , Asso:238093 , Asso:238094 , Asso:238140 . Chr.9 : Asso:237946 , Asso:237948 , Asso:238139 .
QTL for Red blood cell count
Chr.12 : Asso:237950 , Asso:237951 , Asso:237952 , Asso:237954 , Asso:237955 , Asso:237956 , Asso:237957 , Asso:237961 , Asso:238109 . Chr.14 : Asso:238038 , Asso:238039 , Asso:238040 , Asso:238041 , Asso:238042 , Asso:238043 , Asso:238044 , Asso:238045 . Chr.16 : Asso:237953 .
QTL for Platelet count
Chr.6 : Asso:237958 , Asso:237959 . Chr.10 : Asso:237965 , Asso:237966 , Asso:237967 , Asso:237968 , Asso:237969 , Asso:238135 .
QTL for Interleukin-12 level
Chr.1 : Asso:238006 , Asso:238007 , Asso:238008 , Asso:238009 , Asso:238010 , Asso:238011 , Asso:238012 , Asso:238035 , Asso:238036 , Asso:238037 , Asso:238127 , Asso:238128 , Asso:238129 , Asso:238130 , Asso:238131 , Asso:238132 , Asso:238133 , Asso:238134 . Chr.13 : Asso:237970 , Asso:237971 , Asso:237972 , Asso:237973 , Asso:237974 , Asso:237975 , Asso:237976 , Asso:237977 , Asso:237978 , Asso:237979 , Asso:237980 , Asso:237981 , Asso:237982 , Asso:237983 , Asso:237984 , Asso:237985 , Asso:237986 , Asso:237987 , Asso:237988 , Asso:237989 , Asso:237990 , Asso:237991 , Asso:237992 , Asso:237993 , Asso:237994 , Asso:237995 , Asso:237996 , Asso:237997 , Asso:237998 , Asso:237999 , Asso:238000 , Asso:238001 , Asso:238004 , Asso:238005 , Asso:238013 , Asso:238014 , Asso:238015 , Asso:238016 , Asso:238017 , Asso:238018 , Asso:238019 , Asso:238020 , Asso:238021 , Asso:238022 , Asso:238023 , Asso:238024 , Asso:238025 , Asso:238026 , Asso:238027 , Asso:238028 , Asso:238029 , Asso:238030 , Asso:238031 , Asso:238032 , Asso:238033 , Asso:238034 , Asso:238047 , Asso:238048 , Asso:238049 , Asso:238050 , Asso:238051 , Asso:238052 , Asso:238053 , Asso:238054 , Asso:238055 , Asso:238056 , Asso:238057 , Asso:238058 , Asso:238059 , Asso:238060 , Asso:238061 , Asso:238062 , Asso:238063 , Asso:238064 , Asso:238065 , Asso:238066 , Asso:238067 , Asso:238068 , Asso:238069 , Asso:238070 , Asso:238071 , Asso:238072 , Asso:238073 , Asso:238074 , Asso:238075 , Asso:238076 , Asso:238077 , Asso:238078 , Asso:238079 , Asso:238080 , Asso:238081 , Asso:238082 , Asso:238083 , Asso:238084 , Asso:238112 , Asso:238113 , Asso:238114 , Asso:238115 , Asso:238116 , Asso:238117 , Asso:238118 , Asso:238119 , Asso:238120 , Asso:238121 , Asso:238122 , Asso:238123 , Asso:238124 , Asso:238125 , Asso:238126 , Asso:238136 , Asso:238137 , Asso:238138 .
QTL for Interferon-gamma level
Chr.3 : Asso:238002 .
QTL for Interleukin-6 level
Chr.11 : Asso:238046 , Asso:238110 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (45) ,
Chr.2 (5) ,
Chr.3 (1) ,
Chr.4 (9) ,
Chr.5 (30) ,
Chr.6 (2) ,
Chr.7 (1) ,
Chr.9 (5) ,
Chr.10 (6) ,
Chr.11 (2) ,
Chr.12 (49) ,
Chr.13 (113) ,
Chr.14 (79) ,
Chr.15 (109) ,
Chr.16 (3) ,
Chr.17 (28) ,
Chr.18 (6) .
Number of gene-based eQTL/associations:
