Authors: Nosková A, Mehrotra A, Kadri NK, Lloret-Villas A, Neuenschwander S, Hofer A, Pausch H
(Contact: anoskova@ethz.ch ) Affiliation: ETH Zürich, Universitätstrasse 2, 8092, Zürich, Switzerland Title: Comparison of two multi-trait association testing methods and sequence-based fine mapping of six additive QTL in Swiss Large White pigs Journal: BMC Genomics, 24(1): 192 (2023)
DOI :
10.1186/s12864-023-09295-4 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Average daily gain
Chr.1 : QTL:281496 , Asso:281497 , Asso:281498 , Asso:281499 , QTL:281503 , Asso:281504 , Asso:281505 , QTL:281513 , QTL:281516 , Asso:281642 , Asso:281643 , Asso:281644 , Asso:281645 , Asso:281646 , Asso:281647 , Asso:281648 , Asso:281649 , Asso:281650 , Asso:281651 , QTL:281652 , QTL:281655 , QTL:281669 , QTL:281672 . Chr.17 : QTL:281690 , QTL:281691 .
QTL for Feed intake
Chr.1 : QTL:281500 , Asso:281501 , Asso:281502 , QTL:281512 , QTL:281528 , Asso:281529 , Asso:281530 , Asso:281531 , Asso:281532 , Asso:281533 , Asso:281534 , Asso:281535 , Asso:281536 , Asso:281537 , Asso:281538 , Asso:281539 , Asso:281540 , Asso:281541 , Asso:281542 , Asso:281543 , Asso:281544 , Asso:281545 , Asso:281546 , Asso:281547 , Asso:281548 , Asso:281549 , Asso:281550 , Asso:281551 , Asso:281552 , Asso:281553 , Asso:281554 , Asso:281555 , Asso:281556 , Asso:281557 , Asso:281558 , Asso:281559 , Asso:281560 , Asso:281561 , Asso:281562 , Asso:281563 , Asso:281564 , Asso:281565 , Asso:281566 , Asso:281567 , Asso:281568 , Asso:281569 , Asso:281570 , Asso:281571 , Asso:281572 , Asso:281573 , Asso:281574 , Asso:281575 , Asso:281576 , Asso:281577 , Asso:281578 , Asso:281579 , Asso:281580 , Asso:281581 , Asso:281582 , Asso:281583 , Asso:281584 , Asso:281585 , Asso:281586 , Asso:281587 , Asso:281588 , Asso:281589 , Asso:281590 , Asso:281591 , Asso:281592 , Asso:281593 , Asso:281594 , Asso:281595 , Asso:281596 , Asso:281597 , Asso:281598 , Asso:281599 , Asso:281600 , Asso:281601 , Asso:281602 , Asso:281603 , Asso:281604 , Asso:281605 , Asso:281606 , Asso:281607 , Asso:281608 , Asso:281609 , Asso:281610 , Asso:281611 , Asso:281612 , Asso:281613 , Asso:281614 , Asso:281615 , Asso:281616 , Asso:281617 , Asso:281618 , Asso:281619 , Asso:281620 , Asso:281621 , Asso:281622 , Asso:281623 , Asso:281624 , Asso:281625 , Asso:281626 , Asso:281627 , Asso:281628 , Asso:281629 , Asso:281630 , Asso:281631 , Asso:281632 , Asso:281633 , Asso:281634 , Asso:281635 , Asso:281636 , Asso:281637 , Asso:281638 , Asso:281639 , Asso:281640 , Asso:281641 , Asso:281653 , Asso:281654 , Asso:281656 , QTL:281657 , Asso:281658 , Asso:281659 , Asso:281660 , Asso:281661 , Asso:281662 , Asso:281663 , Asso:281664 , Asso:281665 , Asso:281666 , Asso:281667 , Asso:281668 .
QTL for Lean meat percentage
Chr.1 : QTL:281506 , Asso:281507 , Asso:281508 , QTL:281515 , QTL:281671 . Chr.18 : Asso:281527 , QTL:281698 .
QTL for Subcutaneous fat thickness
Chr.1 : QTL:281509 , Asso:281510 , Asso:281511 , QTL:281514 , QTL:281670 . Chr.5 : QTL:281518 , QTL:281677 . Chr.7 : Asso:281682 . Chr.17 : Asso:281692 . Chr.18 : Asso:281526 , QTL:281697 .
QTL for Intramuscular fat content
Chr.1 : QTL:281517 , QTL:281673 , Asso:281674 , Asso:281675 , Asso:281676 .
QTL for Gestation length
Chr.7 : QTL:281519 .
QTL for Carcass length
Chr.7 : QTL:281520 , QTL:281678 , QTL:281683 , Asso:281684 , Asso:281685 , Asso:281686 . Chr.17 : QTL:281524 , QTL:281688 .
QTL for Teat number
Chr.7 : QTL:281521 , QTL:281679 , Asso:281680 , Asso:281681 . Chr.10 : QTL:281522 . Chr.12 : QTL:281687 .
QTL for Longissimus muscle depth
Chr.10 : Asso:281523 .
QTL for Front leg conformation
Chr.17 : QTL:281525 , QTL:281689 , QTL:281694 , Asso:281695 , Asso:281696 .
QTL for Hind leg conformation
Chr.17 : Asso:281693 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from Nosková A, Mehrotra A, Kadri NK, Lloret-Villas A, Neuenschwander S, Hofer A, Pausch H (2023). Comparison of two multi-trait association testing methods and sequence-based fine mapping of six additive QTL in Swiss Large White pigs. BMC Genomics, 24(1): 192;
Curated into QTLdb on 2023-05-31. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=ZcYl6A4CwG
OR
Nosková A, Mehrotra A, Kadri NK, Lloret-Villas A, Neuenschwander S, Hofer A, Pausch H (2023). Comparison of two multi-trait association testing methods and sequence-based fine mapping of six additive QTL in Swiss Large White pigs. BMC Genomics, 24(1): 192; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-023-09295-4
