Authors: May K, Scheper C, Brügemann K, Yin T, Strube C, Korkuć P, Brockmann GA, König S
(Contact: sven.koenig@agrar.uni-giessen.de ) Affiliation: Institute of Animal Breeding and Genetics, Justus-Liebig-University of Gießen, 35390, Gießen, Germany Title: Genome-wide associations and functional gene analyses for endoparasite resistance in an endangered population of native German Black Pied cattle Journal: BMC Genomics, 20(1): 277 (2019)
DOI :
10.1186/s12864-019-5659-4 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Fecal egg count
Chr.1 : Asso:170256 . Chr.2 : Asso:170239 , Asso:170240 , Asso:170241 , Asso:170242 . Chr.4 : Asso:170243 , Asso:170244 . Chr.5 : Asso:170245 . Chr.7 : Asso:170257 , Asso:170258 , Asso:170259 , Asso:170260 . Chr.8 : Asso:170246 . Chr.9 : Asso:170247 , Asso:170248 . Chr.18 : Asso:170249 , Asso:170250 , Asso:170251 . Chr.22 : Asso:170252 . Chr.24 : Asso:170253 , Asso:170254 . Chr.26 : Asso:170255 . Chr.28 : Asso:170261 .
QTL for Fecal larva count
Chr.2 : Asso:170262 , Asso:170263 , Asso:170264 , Asso:170265 , Asso:170266 , Asso:170267 , Asso:170268 , Asso:170269 , Asso:170270 , Asso:170271 , Asso:170272 , Asso:170273 . Chr.3 : Asso:170274 , Asso:170275 , Asso:170276 . Chr.5 : Asso:170277 , Asso:170278 , Asso:170279 , Asso:170280 , Asso:170281 , Asso:170282 , Asso:170283 , Asso:170284 , Asso:170285 , Asso:170286 , Asso:170287 , Asso:170288 , Asso:170289 , Asso:170290 , Asso:170291 , Asso:170292 , Asso:170293 , Asso:170294 , Asso:170295 . Chr.8 : Asso:170296 , Asso:170297 , Asso:170298 , Asso:170299 , Asso:170300 , Asso:170301 , Asso:170302 , Asso:170303 , Asso:170304 . Chr.10 : Asso:170305 . Chr.15 : Asso:170306 , Asso:170307 , Asso:170308 , Asso:170309 , Asso:170310 , Asso:170311 , Asso:170312 , Asso:170313 , Asso:170314 , Asso:170315 , Asso:170316 , Asso:170317 , Asso:170318 , Asso:170319 , Asso:170320 , Asso:170321 . Chr.17 : Asso:170322 , Asso:170323 . Chr.18 : Asso:170324 . Chr.21 : Asso:170325 , Asso:170326 , Asso:170327 , Asso:170328 , Asso:170329 , Asso:170330 , Asso:170331 , Asso:170332 , Asso:170333 , Asso:170334 , Asso:170335 , Asso:170336 , Asso:170337 , Asso:170338 , Asso:170339 , Asso:170340 , Asso:170341 , Asso:170342 , Asso:170343 , Asso:170344 , Asso:170345 , Asso:170346 , Asso:170347 , Asso:170348 , Asso:170349 , Asso:170350 , Asso:170351 , Asso:170352 , Asso:170353 , Asso:170354 , Asso:170355 , Asso:170356 , Asso:170357 , Asso:170358 , Asso:170359 , Asso:170360 , Asso:170361 . Chr.22 : Asso:170362 . Chr.24 : Asso:170363 , Asso:170364 , Asso:170365 , Asso:170366 , Asso:170367 , Asso:170368 , Asso:170369 , Asso:170370 , Asso:170371 , Asso:170372 , Asso:170373 , Asso:170374 , Asso:170375 , Asso:170376 , Asso:170377 , Asso:170378 , Asso:170379 , Asso:170380 , Asso:170381 , Asso:170382 . Chr.26 : Asso:170383 . Chr.29 : Asso:170384 , Asso:170385 , Asso:170386 , Asso:170387 , Asso:170388 , Asso:170389 , Asso:170390 , Asso:170391 , Asso:170392 , Asso:170393 , Asso:170394 , Asso:170395 , Asso:170396 , Asso:170397 , Asso:170398 , Asso:170399 , Asso:170400 , Asso:170401 , Asso:170402 , Asso:170403 , Asso:170404 , Asso:170405 , Asso:170406 , Asso:170407 , Asso:170408 , Asso:170409 , Asso:170410 , Asso:170411 , Asso:170412 , Asso:170413 , Asso:170414 , Asso:170415 , Asso:170416 , Asso:170417 , Asso:170418 , Asso:170419 , Asso:170420 , Asso:170421 , Asso:170422 , Asso:170423 , Asso:170424 , Asso:170425 , Asso:170426 , Asso:170427 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (1) ,
Chr.2 (16) ,
Chr.3 (3) ,
Chr.4 (2) ,
Chr.5 (20) ,
Chr.7 (4) ,
Chr.8 (10) ,
Chr.9 (2) ,
Chr.10 (1) ,
Chr.15 (16) ,
Chr.17 (2) ,
Chr.18 (4) ,
Chr.21 (37) ,
Chr.22 (2) ,
Chr.24 (22) ,
Chr.26 (2) ,
Chr.28 (1) ,
Chr.29 (44) .
Number of gene-based eQTL/associations:
Cite this Dataset :
Animal QTLdb: Dataset from May K, Scheper C, Brügemann K, Yin T, Strube C, Korkuć P, Brockmann GA, König S (2019). Genome-wide associations and functional gene analyses for endoparasite resistance in an endangered population of native German Black Pied cattle. BMC genomics, 20(1): 277;
Curated into QTLdb on 2019-04-19. Universal link to this data set:
https://www.animalgenome.org/QTLdb/supp/?t=XcBa6I8MlG
OR
May K, Scheper C, Brügemann K, Yin T, Strube C, Korkuć P, Brockmann GA, König S (2019). Genome-wide associations and functional gene analyses for endoparasite resistance in an endangered population of native German Black Pied cattle. BMC genomics, 20(1): 277; DOI: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-019-5659-4
