Authors: Massender E, Oliveira HR, Brito LF, Maignel L, Jafarikia M, Baes CF, Sullivan B, Schenkel FS
(Contact: emassend@uoguelph.ca ) Affiliation: Centre for Genetic Improvement of Livestock, Department of Animal Biosciences, University of Guelph, Guelph, ON, N1G 2W1, Canada Title: Genome-wide association study for milk production and conformation traits in Canadian Alpine and Saanen dairy goats Journal: Journal Of Dairy Science, 106(2): 1168-1189 (2023)
DOI :
S0022-0302(22)00721-4 Links:
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Number of QTL/association reported by traits:
QTL for Medial suspensory ligament
Chr.3 : Asso:281751 . Chr.10 : Asso:281752 . Chr.25 : Asso:281750 .
QTL for Udder attachment
Chr.2 : Asso:281755 . Chr.10 : Asso:282178 . Chr.13 : Asso:281757 . Chr.17 : Asso:281754 . Chr.20 : Asso:281753 , Asso:281756 .
QTL for Milk yield
Chr.3 : Asso:281763 . Chr.6 : Asso:281768 . Chr.7 : Asso:281762 . Chr.16 : Asso:281760 . Chr.17 : Asso:281759 , Asso:281764 , Asso:281765 . Chr.21 : Asso:281766 . Chr.23 : Asso:281769 . Chr.26 : Asso:281767 . Chr.29 : Asso:281758 , Asso:281761 .
QTL for Milk protein percentage
Chr.6 : Asso:281773 , Asso:281774 , Asso:281775 , Asso:281776 , Asso:281777 , Asso:281778 , Asso:281779 , Asso:281780 , Asso:281781 , Asso:281782 , Asso:281783 , Asso:281785 , Asso:281786 , Asso:281787 , Asso:281788 , Asso:281789 , Asso:281790 , Asso:281791 , Asso:281792 , Asso:281793 , Asso:281794 , Asso:281795 , Asso:281796 , Asso:281797 , Asso:281798 , Asso:281799 , Asso:281800 , Asso:281801 , Asso:281802 , Asso:281803 , Asso:281804 , Asso:281805 , Asso:281806 , Asso:281807 , Asso:281808 , Asso:281809 , Asso:281810 , Asso:281811 , Asso:281812 , Asso:281813 , Asso:281814 , Asso:281816 , Asso:281817 , Asso:281818 , Asso:281819 , Asso:281820 , Asso:281821 , Asso:281822 , Asso:281823 , Asso:281824 , Asso:281825 , Asso:281826 , Asso:281827 , Asso:281828 , Asso:281829 , Asso:281830 , Asso:281831 , Asso:281832 , Asso:281833 , Asso:281834 , Asso:281835 , Asso:281836 , Asso:281837 , Asso:281838 , Asso:281839 , Asso:281840 , Asso:281841 , Asso:281842 , Asso:281843 , Asso:281844 , Asso:281845 , Asso:281846 , Asso:281847 , Asso:281848 , Asso:281849 , Asso:281850 , Asso:281851 , Asso:281852 , Asso:281853 , Asso:281854 , Asso:281855 , Asso:281857 , Asso:281858 , Asso:281859 , Asso:281860 , Asso:281861 , Asso:281862 , Asso:281863 , Asso:281864 , Asso:281865 , Asso:281866 , Asso:281867 , Asso:281869 , Asso:281870 , Asso:281871 , Asso:281872 , Asso:281873 , Asso:281874 , Asso:281875 , Asso:281876 , Asso:281877 , Asso:281878 , Asso:281879 , Asso:281880 , Asso:281881 , Asso:281994 , Asso:281995 , Asso:281996 , Asso:281997 , Asso:281998 , Asso:281999 , Asso:282000 , Asso:282002 , Asso:282003 , Asso:282004 , Asso:282005 , Asso:282006 , Asso:282007 , Asso:282008 , Asso:282009 , Asso:282010 , Asso:282011 , Asso:282012 , Asso:282013 , Asso:282014 , Asso:282015 , Asso:282016 , Asso:282017 , Asso:282018 , Asso:282019 , Asso:282020 , Asso:282021 , Asso:282022 , Asso:282023 , Asso:282024 , Asso:282025 , Asso:282026 , Asso:282027 , Asso:282028 , Asso:282029 , Asso:282030 , Asso:282031 , Asso:282032 , Asso:282033 , Asso:282034 , Asso:282035 , Asso:282036 , Asso:282037 , Asso:282038 , Asso:282039 , Asso:282040 , Asso:282041 , Asso:282042 , Asso:282043 , Asso:282044 , Asso:282045 , Asso:282046 , Asso:282047 , Asso:282048 , Asso:282049 , Asso:282050 , Asso:282051 , Asso:282052 , Asso:282053 , Asso:282054 , Asso:282055 , Asso:282056 , Asso:282057 , Asso:282058 , Asso:282059 , Asso:282060 , Asso:282061 , Asso:282062 , Asso:282063 , Asso:282064 , Asso:282065 , Asso:282066 , Asso:282067 , Asso:282068 , Asso:282069 , Asso:282070 , Asso:282071 , Asso:282072 , Asso:282073 , Asso:282074 , Asso:282075 , Asso:282076 , Asso:282077 , Asso:282078 , Asso:282079 , Asso:282080 , Asso:282081 , Asso:282082 , Asso:282083 , Asso:282084 , Asso:282085 , Asso:282086 , Asso:282087 , Asso:282088 , Asso:282089 , Asso:282090 , Asso:282091 , Asso:282092 , Asso:282093 , Asso:282094 , Asso:282095 , Asso:282096 , Asso:282097 , Asso:282098 , Asso:282099 , Asso:282100 , Asso:282101 , Asso:282102 , Asso:282103 , Asso:282104 , Asso:282105 , Asso:282106 , Asso:282107 , Asso:282108 , Asso:282109 , Asso:282110 , Asso:282111 , Asso:282112 , Asso:282113 , Asso:282114 , Asso:282115 , Asso:282116 , Asso:282117 , Asso:282118 , Asso:282119 , Asso:282120 , Asso:282121 , Asso:282122 , Asso:282123 , Asso:282124 , Asso:282125 , Asso:282126 , Asso:282176 , Asso:282177 . Chr.9 : Asso:281815 . Chr.11 : Asso:281784 . Chr.14 : Asso:281772 , Asso:281856 . Chr.19 : Asso:281771 . Chr.25 : Asso:281770 . Chr.28 : Asso:281868 , Asso:282001 .
QTL for Milk fat percentage
Chr.6 : Asso:281888 , Asso:281890 , Asso:281892 , Asso:281895 , Asso:281896 , Asso:281897 , Asso:281898 , Asso:281899 , Asso:281902 , Asso:281905 , Asso:281907 , Asso:281908 , Asso:281909 , Asso:281910 , Asso:281912 , Asso:281914 , Asso:281917 , Asso:281920 , Asso:281922 , Asso:281924 , Asso:281925 , Asso:281927 , Asso:281928 , Asso:281930 , Asso:281932 , Asso:281935 , Asso:281937 , Asso:281938 , Asso:281940 , Asso:281942 , Asso:282127 , Asso:282128 , Asso:282129 , Asso:282131 , Asso:282133 , Asso:282134 , Asso:282135 , Asso:282138 , Asso:282139 , Asso:282143 , Asso:282144 , Asso:282146 , Asso:282147 , Asso:282149 , Asso:282150 , Asso:282152 , Asso:282162 , Asso:282165 . Chr.9 : Asso:281906 . Chr.13 : Asso:281915 . Chr.14 : Asso:281883 , Asso:281887 , Asso:281889 , Asso:281891 , Asso:281893 , Asso:281894 , Asso:281900 , Asso:281901 , Asso:281903 , Asso:281904 , Asso:281911 , Asso:281913 , Asso:281916 , Asso:281918 , Asso:281919 , Asso:281921 , Asso:281923 , Asso:281926 , Asso:281929 , Asso:281931 , Asso:281933 , Asso:281934 , Asso:281936 , Asso:281939 , Asso:281941 , Asso:282130 , Asso:282132 , Asso:282136 , Asso:282137 , Asso:282140 , Asso:282141 , Asso:282142 , Asso:282145 , Asso:282148 , Asso:282151 , Asso:282153 , Asso:282154 , Asso:282155 , Asso:282156 , Asso:282157 , Asso:282158 , Asso:282159 , Asso:282160 , Asso:282161 , Asso:282163 , Asso:282164 , Asso:282166 , Asso:282167 , Asso:282168 , Asso:282169 , Asso:282170 , Asso:282171 , Asso:282172 , Asso:282173 . Chr.19 : Asso:281884 , Asso:281885 . Chr.20 : Asso:281886 . Chr.29 : Asso:281882 .
QTL for Milk fat yield
Chr.3 : Asso:281958 , Asso:281960 . Chr.5 : Asso:281954 , Asso:281955 , Asso:281957 . Chr.6 : Asso:281953 . Chr.9 : Asso:281959 . Chr.14 : Asso:281946 , Asso:281950 , Asso:281952 , Asso:281962 , Asso:281963 , Asso:282174 . Chr.16 : Asso:281947 . Chr.17 : Asso:281951 . Chr.21 : Asso:281961 . Chr.23 : Asso:281943 , Asso:281949 . Chr.29 : Asso:281944 , Asso:281945 , Asso:281948 , Asso:281956 .
QTL for Milk protein yield
Chr.5 : Asso:281967 , Asso:281968 , Asso:281973 , Asso:281974 . Chr.6 : Asso:281970 . Chr.9 : Asso:281969 . Chr.17 : Asso:281965 , Asso:281972 , Asso:281975 . Chr.21 : Asso:282175 . Chr.23 : Asso:281966 , Asso:281971 . Chr.26 : Asso:281964 . Chr.29 : Asso:281976 .
QTL for Conformation score
Chr.13 : Asso:281977 , Asso:281978 .
QTL for Dairyness
Chr.27 : Asso:281979 .
QTL for Body capacity
Chr.3 : Asso:281980 , Asso:281983 . Chr.5 : Asso:281982 . Chr.6 : Asso:281981 , Asso:281984 .
QTL for Feet and leg conformation
Chr.1 : Asso:281987 . Chr.3 : Asso:281986 . Chr.17 : Asso:281985 .
QTL for Teat structure
Chr.3 : Asso:281991 . Chr.14 : Asso:281990 , Asso:281992 . Chr.17 : Asso:281989 . Chr.26 : Asso:281988 , Asso:281993 .
QTL/association Reported by chromosomes:
Chr.1 (1) ,
Chr.2 (1) ,
Chr.3 (8) ,
Chr.5 (8) ,
Chr.6 (292) ,
Chr.7 (1) ,
Chr.9 (4) ,
Chr.10 (2) ,
Chr.11 (1) ,
Chr.13 (4) ,
Chr.14 (64) ,
Chr.16 (2) ,
Chr.17 (10) ,
Chr.19 (3) ,
Chr.20 (3) ,
Chr.21 (3) ,
Chr.23 (5) ,
Chr.25 (2) ,
Chr.26 (4) ,
Chr.27 (1) ,
Chr.28 (2) ,
Chr.29 (8) .
Number of gene-based eQTL/associations:
